Tháng 4/1198, thân vương mới 2 tuổi chính thức lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Tsuchimikado[5]. Ông sử dụng lại niên hiệu của cha là Kenkyu (1198-1199).

Năm 1203, sau khi Minamoto no Yoriie bị ám sát chết và em trai ông ta là Minamoto no Sanetomo vừa lên chức Shogun Nhật Bản, cựu hoàng Go-Toba liền tìm cách thâu tóm các lãnh địa của Shogun, đặt "quan hệ tốt" với Sanetomo[6].

Tháng 12/1210, Thượng hoàng Go-Toba thuyết phục Tsuchimikado thoái vị, nhường ngôi cho em trai là thân vương Morinari mới 13 tuổi. Thân vương sẽ lên ngôi, lấy hiệu là Thiên hoàng Juntoku.